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根據協會章程的規定，協會的組織機構由會員大會、理事會及秘書處組成。
上海市設施農業裝備行業協會設理事單位45家，監事單位3家。
根據協會章程規定，會員大會是協會的最高權利機構，秘書處是理事會的日常辦事機構，秘書長主持秘書處日常工作。